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扁平苔藓的主要原因并不是很确切，可能和免疫性因素，慢性疾病因素，遗传因素，感染因素，精神因素都有关系。容易出现在精神压力比较大，长时间服用药物，又或者是免疫功能紊乱人群身上。
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如果长时间精神刺激或者是情绪紧张，可能会增加扁平苔藓的几率。例如生活突然变化，焦虑不安，过度工作劳累都会导致病情严重。
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有一些研究者发现丙型肝炎病毒，流感病毒可能和扁平苔藓的发生有关。
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有许多慢性疾病和扁平苔藓的出现几率也有一定的关系，其中会包括慢性感染病灶，代谢异常，营养不良，消化道障碍，内分泌紊乱。
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大部分患者可能会存在基因异常，所以专业人士认为扁平苔藓的存在和遗传因素有关。再者或许和免疫能力有关，容易会造成细胞损害，必须要做好防护措施。
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